La Prefectura provee al reclutamiento, formación, capacitación y perfeccionamiento con un alto nivel de exigencia, acorde a las normas de calidad de nivel internacional y por lo tanto se provee al cursante el bienestar y el sostén, a través del empleo.

Para tal fin, el personal asiste durante su carrera a cursos de aplicación y perfeccionamiento profesional para satisfacer las exigencias del servicio.

Los Oficiales y Suboficiales egresan del “Instituto de Formación”, situado en la localidad de Zárate - Buenos Aires.

Los Oficiales realizan su carrera como Cadetes en el Departamento Académico Escuela de Oficiales “General Matías de Irigoyen" egresando con el título de “Técnico Superior en Seguridad Marítima”y “Técnico Superior en Contabilidad Pública”y los Aspirantes se preparan en el Departamento Académico Escuela de Suboficiales "Coronel Martín Jacobo Thompson" para desempeñarse como navegantes, oficinistas, armeros, comunicantes, etc. según el escalafón elegido.

Las demandas educativas que enfrenta la Prefectura, tienen diversidad de expresiones adicionales, para satisfacer requerimientos de actualización inherentes a los campos de actividad profesional o la atención de los sectores relacionados.

Sin agotar su mención, cabe aludir a los cursos de Inspección sobre Prevención de la Contaminación, Transporte y Manipuleo de Mercancías Peligrosas y de Inspectores de Buques, que cubren importantes requerimientos en el área educativa de la seguridad marítima.
Asimismo, se destacan los acuerdos con los diferentes Institutos de Enseñanza Superior, con fines de cooperación e intercambio de interés recíproco en áreas académicas, científicas y técnicas y con el Consejo Nacional de Educación Técnica para la asistencia y asesoramiento didáctico-pedagógico que requieren los planes de desarrollo de los recursos humanos de la Prefectura.

También existen convenios destinados a optimizar el rendimiento personal y profesional de quienes integran la Prefectura, con el objeto de poner en marcha en institutos propios las carreras de procuración, abogacía, licenciatura en administración y contador público. Del mismo modo, se han celebrado Convenios con otros Institutos de Enseñanza Superior para optimizar los recursos propios y favorecer el intercambio.

Asimismo, la Prefectura cuenta con ingenieros navales, abogados, médicos, arquitectos, ingenieros químicos, constructores navales, licenciadas en ciencias de la educación, psicólogos, personal civil y otros especialistas en distintas profesiones afines a su quehacer, quienes son incorporados para asegurar el desenvolvimiento de las funciones de la Prefectura.

La Escuela Superior, ubicada en la localidad de Olivos, Buenos Aires, como otra de las Unidades Académicas que complementan la educación institucional, imparte la capacitación de postgrado para el personal superior a través de los cursos "Superior", Seguridad de costas, Navegación, Máquinas navales, Comunicaciones, Aviación e Intendencia. Por Resolución del Ministerio De Educación de la Nación, los egresados de cada uno de estos cursos reciben, respectivamente, los títulos de Maestría en "Seguridad Marítima" luego de concluir una tesis; Analista en "Seguridad Marítima", en las especialidades correspondientes.

Complementan la red educativa institucional la Escuela Nacional Superior de Salvamento y Buceo, orientada al personal propio y para los ciudadanos, y la Escuela Superior de Informática, cuyos egresados obtienen títulos reconocidos por el Ministerio de Educación de la Nación, además del Centro de Extensión Profesional Aeronáutica.

La capacitación docente recibe atención adecuada a través del Instituto de Capacitación, Perfeccionamiento y Actualización Docente.

A partir de la creación del Instituto Universitario de Seguridad Marítima los Oficiales egresarán como Licenciados en Seguridad Marítima y Licenciados en Administración y Contabilidad del Sector Público, orientado en Administraciones Marítimas y siendo para los Suboficiales las Técnicaturas Universitarias con diferentes orientaciones. También, a través del Instituto Universitario, se ofrecerán cuatro Maestrías abiertas a la comunidad, en áreas vinculadas con la Seguridad Marítima, Portuaria y Protección Ambiental.