La
Prefectura Naval Argentina, como policía judicial y auxiliar de la justicia,
desempeña variadas funciones dentro de su jurisdicción.Ejecuta los mandatos judiciales referidos a embargos o interdicciones de salida de buques, evitando de tal modo que estos zarpen cuando se ha ordenado su detención.
En la mayoría de los casos tales interdicciones responden a conflictos civiles, comerciales o laborales que sus armadores, capitanes o representantes legales mantienen en los distintos fueros.
Estas medidas se materializan una vez que los buques arriban a los puertos y excepcionalmente, cuando así lo disponen los magistrados intervinientes, en cualquier lugar de las aguas jurisdiccionales o situación en que se encuentre el buque.
En su carácter de auxiliar de la justicia, la Prefectura extiende su intervención mediante la investigación de hechos ocurridos en su ámbito espacial de actuación y que por su naturaleza son de competencia federal.
En tales casos sustancia de acuerdo con el Código de Procedimientos en la materia, una "prevención sumarial" en la que con conocimiento del juez interviniente, se reúnen las probanzas acumuladas en el curso de la investigación, actuaciones que una vez concluidas son elevadas al magistrado respectivo.
Asimismo, la Prefectura diligencia requerimientos judiciales de la más diversa índole, relacionados con procesos penales, civiles, comerciales y laborales, en particular aquellos en los que se halla involucrado personal de la marina mercante.